Hovedforskjellen mellom flageller og flimmerhår er at flagellene er lange og til stede i en til åtte per celle mens flimmerhårene er korte og til stede i hundrevis per celle.
Cilia og Flagella er små strukturer festet til eukaryote og prokaryote celler. De stikker ut fra overflaten av cellene. Disse strukturene hjelper til med bevegelse av encellede organismer. Følgelig inneholder de hovedsakelig proteiner som kalles mikrotubuli eller basallegemer. Når det gjelder encellede eukaryote organismer, er både cilia og flagella avgjørende for bevegelsen. På den annen side hjelper cilia og flagella i bevegelse av væsker og andre materialer langs kroppsrørene i flercellede organismer mens de utfører funksjonen til å bevege en celle eller en gruppe celler. Imidlertid er det en viss forskjell mellom flagella og cilia; spesielt, de skiller seg fra hverandre med lengden, størrelsen, utseendet og typen celler de er festet til.
