Hovedforskjellen mellom cilia stereocilia og microvilli er at cilia er små hårlignende strukturer sammensatt av mikrotubuli mens stereocilia er bunter av hårlignende fremspring sammensatt av aktinfilamenter og microvilli er bretter av cellemembraner sammensatt av aktinfilamenter.
Cilia, stereocilia og microvilli kan fremstå som lignende strukturer når de observeres fra utsiden. Men de er strukturelt og funksjonelt forskjellige fra hverandre. De er hårlignende strukturer som er mikroskopiske. Videre er de proteinfibre som strekker seg utover fra cellene.
