Hovedforskjellen mellom plastokinon og plastocyanin er at plastokinon er et lipofilt bærermolekyl som overfører elektroner til plastocyanin gjennom cytokrom b6f proteinkompleks. Men, er plastocyanin et lite vannløselige blå-kobber-protein som aksepterer et elektronpar fra cytokrom b 6 f-komplekset, og sender den til photosystem I i thylakoid plass.
Fotosyntese har to typer reaksjoner som lysavhengige reaksjoner og lysuavhengige reaksjoner. Disse to typene fotosystemer spiller en viktig rolle i lysavhengige reaksjoner. De er fotosystem I og II. Fotosystemer er store komplekser av proteiner og pigmenter eller lysabsorberende molekyler. De fanger energi fra sollys. P700 er reaksjonssenteret for fotosystem I mens P680 er reaksjonssenteret for fotosystem II. Hvert fotosystem absorberer lys og produserer ATP via fotofosforylering. De produserer også NADPH. Flere typer elektronakseptorer deltar i lysavhengige reaksjoner. Plastokinon og plastocyanin er to typer molekyler involvert i elektrontransportkjeden.
