Hovedforskjellen mellom cisgenese og intragenese er at i cisgenesis introduseres gener uten å gjøre noen endring i DNA-sekvensen, og genene har sin opprinnelige promotor, introner og terminatorsekvenser, mens gener i intragenesis kan utformes ved hjelp av genetiske elementer fra andre planter med samme seksuelt kompatible genpool.
Transgenese er den genetiske modifiseringen i en mottakerplante med gener fra enhver ikke-planteorganisme, eller fra en donorplante som er seksuelt inkompatibel med mottakerplanten. Cisgenesis og intragenesis er to alternative konsepter til transgenese. Begge foregår mellom kryssbare arter. Cisgenesis refererer til den genetiske modifiseringen av en mottakerplante med et naturlig gen fra en seksuelt kompatibel plante. Intragenese tillater derimot bruk av nye genkombinasjoner opprettet ved in vitro-omlegging av funksjonelle genetiske elementer. Begge begrepene er imidlertid basert på bruk av gener fra samme art eller nært beslektede arter som er seksuelt kompatible. Derfor er intragenese og cisgenese identisk med genbassenget som er tilgjengelig for konvensjonell avl.
