Hovedforskjellen mellom QTL og GWAS er avhengig av typen sekvenser som brukes i analysen. QTL bruker koblingsgenloki for å analysere fenotypiske trekk assosiert med polygen arv mens GWAS bruker hele genom-sekvenser for å analysere enkelt nukleotidpolymorfier av en bestemt tilstand.
QTL-kart og GWAS spiller en viktig rolle i de genetiske analysene for forskjellige egenskaper. Videre er de viktige for å analysere ulike sykdomstilstander med ukjent etiologi. I tillegg spiller sekvensering en nøkkelrolle i begge teknikkene. Disse teknikkene kan videre kombineres med andre teknikker med høy gjennomstrømning for økt nøyaktighet og presisjon.
