Hovedforskjellen mellom FISH og CGH er at FISH er en molekylær teknikk som oppdager spesifikk DNA-sekvens på et kromosom ved hjelp av fluorescerende merkede prober, mens CGH er en annen molekylær cytogenetisk teknikk som oppdager endringer i genomisk DNA.
Cytogenetisk analyse spiller en viktig rolle i medisin når det oppdages kromosomavvik som aneuploidier, sletting, duplikasjoner og omlegginger osv. Kromosomavvik fører til slutt til genetiske sykdommer som kreft, infertilitet, Downs syndrom, Klinefelter syndrom, Turners syndrom, leukemi, etc Det er forskjellige molekylære cytogenetiske metoder for å oppdage ovennevnte defekter og sykdommer. Blant dem er FISH (fluorescerende in situ hybridisering) og CGH (komparativ genomisk hybridisering) to kraftige hybridiseringsteknikker. Imidlertid har begge metodene fordeler og ulemper.
