Hovedforskjellen mellom kandidatgen og GWAS er at kandidatgentilnærming undersøker den genetiske variasjonen innen et lite antall forhåndsdefinerte gener av interesse, mens GWAS undersøker hele genomet for en vanlig genetisk variasjon bak en bestemt sykdomstilstand.
Kandidatgentilnærming og genomdekkende foreningsstudier (GWAS) er to metoder som er viktige for å oppdage genetisk mottakelighet for sykdommer. Kandidatgentilnærmingen er basert på et forhåndsdefinert lite antall gener mens GWAS er basert på testing av hele genomet. Derfor krever kandidatgentilnærming forkunnskap om gener med relevans for sykdommen, i motsetning til GWAS.
