Hovedforskjellen mellom E. coli og Pseudomonas aeruginosa er at E. coli er en fakultativ anaerob bakterieart som tilhører familien Enterobacteriaceae og slekten Escherichia, mens P. aeruginosa er en aerob bakterieart som tilhører familien Pseudomonadadaceae og slekten Pseudomonas.
Både E. coli og Pseudomonas aeruginosa er gramnegative, stavformede og bevegelige bakterier. Videre er de innkapslede bakterier. Men E. coli er en art av slekten Escherichia mens P. aeruginosa er en art av slekten Pseudomonas.