Hovedforskjellen mellom genetisk avstand og fysisk avstand er typen sekvens som brukes til å analysere avstanden mellom to populasjoner av samme art. Genetisk avstand måler den genetiske divergensen mellom arter eller mellom populasjoner i en art, mens fysisk avstand måler antall nukleotider mellom de to markørene.
Genetisk avstand og fysisk avstand gir et innblikk i evolusjonære forhold mellom to populasjoner av en art. Derfor gir avstandskart sammenkobling av populasjoner basert på genetiske data. Genomsekvensering og bioinformatikkanalyse spiller en viktig rolle i å bestemme både genetiske og fysiske avstander.
