Hovedforskjellen mellom genetisk kart og fysisk kart ligger i teknikkene som brukes i genomkartlegging. Når du genererer et genetisk kart, brukes genetiske markører og genetiske steder for å studere genbindingsmønstrene, mens fysisk kartlegging bruker molekylærbiologiske teknikker som restriksjonsfragmentlengde polymorfisme (RFLP) og hybridiseringsteknikker.
Genetiske kart og fysiske kart to typer kart som konstruerer for å vise gener som befinner seg i kromosomer. De involverer i genetisk diagnostikk og for å forutsi evolusjon angående genomanalyse. Videre bruker de for å analysere avstandene mellom genloki og for å analysere genpolymorfier.