Hovedforskjellen mellom genetisk kart og koblingskart er typen gener som brukes til kartleggingsprosessen. Genetisk kart består av alle gener som er tilstede på et bestemt kromosom mens koblingskart består av koblede gener som er tilstede på et bestemt kromosom.
Genetisk kart og koblingskart er to typer kromosomale kart som illustrerer gener som finnes på kromosomene. Et genetisk kart viser alle genene mens et koblingskart bare viser de koblede genene. Begge er veldig nyttige ved diagnostisering av genetiske sykdommer og lidelser. I tillegg kan kromosomavvik også oppdages ved hjelp av genetiske kart og koblingskart. Koblingskart gir videre en ide om utviklingen av bestemte gener.