Hovedforskjellen mellom transformasjon og transduksjon er at transformasjon er en mekanisme som endrer det genetiske materialet til bakterier ved direkte opptak av eksogent genetisk materiale fra omgivelsene gjennom cellemembranen og inkorporering av det i genomet mens transduksjon er injeksjon av fremmed DNA ved et bakteriofagvirus i vertsbakterien.
Konjugering er en velkjent metode for DNA-rekombinasjon, som finnes i både eukaryoter og prokaryoter. Forskere har oppdaget at det er mulig å overføre DNA fra en bakteriecelle til en annen med to andre mekanismer: transformasjon og transduksjon. I likhet med konjugering overfører disse to mekanismene DNA i en retning, og rekombinasjon skjer mellom alleler i homologe DNA-regioner. Begge mekanismene overfører svært få mengder DNA og overfører ikke hele cellekromosomet.
