Hovedforskjellen mellom fagolysosom og fagosom er at fagolysosom er et cytoplasmisk legeme dannet ved fusjon av et fagosom med et lysosom. I mellomtiden er fagosom en vesikkel dannet rundt partiklene som er oppslukt av en fagocytisk celle under fagocytose.
Fagocytose er en forsvarsmekanisme som brukes i visse celler eller organismer for å fjerne fremmede partikler fra kroppen. Fagocytter er cellene som utfører fagocytose. Fagocytter er typer hvite blodlegemer, spesielt nøytrofiler, monocytter og makrofager som er tilstede i blodet. Disse cellene beskytter kroppen ved å oppdage fremmede partikler som bakterier, giftstoffer, døde og døende somatiske celler osv. Fagocytter slukes og ødelegger dem. Fagocytose er en slags endocytose. Ved fagocytose internaliserer faste partikler seg i en struktur som kalles fagosom. Når de er fanget inne i fagosomet, smelter de sammen med lysosomer og danner fagolysosomer. Ved deretter å bruke lysosomhydrolaseenzymer blir partiklene inne i fagosomet nedbrutt og ødelagt.
