Hovedforskjellen mellom tiocyanat og isotiocyanat er at tiocyanat er en funksjonell gruppe der alkyl- eller arylgruppen er bundet gjennom svovelatomet mens isotiocyanat er bindingsisomeren av tiocyanat der alkyl- eller arylgruppen er bundet gjennom nitrogenatomet.
Tiocyanat og isotiocyanat er funksjonelle grupper som inneholder karbon-, nitrogen- og svovelatomer. Disse funksjonelle gruppene har samme tilkobling av atomer. Det vil si at karbonatomet er i midten, mens nitrogen og svovelatomer er festet til sidene. Imidlertid er den kjemiske bindingen mellom disse atomene forskjellig fra hverandre.
