Hovedforskjellen mellom DMSO og MSM er at DMSO er en organosvovelforbindelse som eksisterer i væskefasen, mens MSM er en organisk svovelforbindelse som eksisterer i den faste fasen.
Uttrykket DMSO står for dimetylsulfoksid mens uttrykket MSM står for metylsulfonylmetan. Begge disse er organiske svovelforbindelser. Det betyr; disse forbindelsene har svovelatomer bundet til organiske forbindelser. Hovedforskjellen mellom DMSO og MSM ligger i fasen av materie der disse forbindelsene eksisterer ved romtemperatur. Det er noen andre forskjeller i tillegg til denne viktige forskjellen.