Hovedforskjellen mellom endosymbiose og symbiose er at endosymbiose er en teori som beskriver hvordan mitokondrier og kloroplaster kom inn i eukaryote celler mens symbiose er en langsiktig interaksjon som eksisterer mellom to forskjellige levende arter.
Organismer i et økosystem samhandler med hverandre på forskjellige måter. Symbiose er et samspill som eksisterer mellom to forskjellige arter som lever sammen. Noen interaksjoner gagner begge parter, mens noen interaksjoner forblir nøytrale. Noen andre interaksjoner er imidlertid skadelige for den ene parten, spesielt for vertsorganismen, mens den andre parten mottar fordeler på bekostning av verten. Vi kan se alle disse typene interaksjoner i et økosystem. Imidlertid er denne typen interaksjoner avgjørende for stabiliteten i et økosystem. Endosymbiose er derimot en teori som forklarer opprinnelsen til den eukaryote cellen fra en prokaryot celle.
