Hovedforskjellen mellom endosymbiose og invaginasjon er at endosymbiose er en teori som forklarer opprinnelsen til mitokondrier og kloroplaster inne i den eukaryote cellen mens invaginasjonen er en prosess som forklarer kjernen og andre celleorganeller gjennom dannelsen av invaginasjon fra plasmaet membran til celleinteriøret.
Forskere mener at eukaryote celler har utviklet seg fra prokaryote celler. De har utviklet mange teorier for å forklare hvordan denne evolusjonen har skjedd. Endosymbiose er en slik teori som forklarer opprinnelsen til mitokondrier og kloroplast inne i de eukaryote cellene fra de prokaryote bakteriene. Mens invaginasjon er en prosess som forklarer opprinnelsen til kjernen og andre membranbundne organeller inne i den eukaryote cellen.
