Hovedforskjellen mellom autotrofer og heterptrofer er at autotrofer er organismer som får karbon fra uorganiske karbonkilder som karbondioksid mens heterotrofer er organismer som får karbon fra organiske karbonkilder.
En levende organisme kan bare bruke to energikilder for å syntetisere deres organiske behov. Dette er lysenergi og kjemisk energi basert på at det er to hovedgrupper av organismer, nemlig fototrofer og kjemotrofer. Fototrofer bruker lysenergi som energikilde, mens kjemotrofer bruker kjemisk energi som energikilde. Fototrofer er organismer som utfører fotosyntese. Organismer kan også være autotrofiske eller heterotrofe avhengig av om deres kullkilde er organisk eller uorganisk. Autotrofer bruker uorganisk karbon (karbondioksid) som kilden til karbon, mens heterotrofer bruker organisk karbon som kilden til karbon.
