Hovedforskjellen mellom endocytose og eksocytose er at endocytose bringer stoffer inn i cellen mens eksocytose transporterer stoffer til utsiden av cellen.
En celle har en cellemembran som fungerer som en barriere mellom celleinteriøret og det ytre miljøet. Derfor, med en slik membran, trenger celler en slags transportmekanisme for å få kontakt med det ytre miljøet. For eksempel trenger celler å skaffe næringsstoffer og skille ut avfall fra cellen. For dette formålet har celler fire grunnleggende mekanismer for transport: diffusjon, osmose, aktiv transport og bulktransport. Diffusjon og osmose er passive prosesser, mens aktiv transport og bulktransport er aktive prosesser som forbruker energi. Endocytose og exocytosis er to typer bulktransportmekanismer, som transporterer store partikler gjennom plasmamembranen, enten fra celle til det ytre miljøet eller fra det ytre miljøet til cellen. Begge disse mekanismene danner membranbundne vesikler som transportmiddel.
