Hovedforskjellen mellom endocytose og fagocytose er at endocytose er prosessen med å ta saken inn i cellen ved å danne cellemembranvesikler mens fagocytose er prosessen med å ta det store faste stoffet inn i cellen ved å danne fagosomer.
Endocytose og fagocytose er to transportmekanismer som tar materialer inn i cellen. Endocytose er av tre kategorier. Blant dem er fagocytose og pinocytose de to vanligste typene. Videre er fagocytose en form for endocytose. Under begge mekanismene tas materialer inn i vesiklene. Disse materialene inkluderer celleavfall, enzymer, døde celler, patogener, hormoner, næringsstoffer, etc. Den motsatte mekanismen for endocytose er eksocytose, som involverer fjerning av materiale fra cellen innesluttet i vesikler.
