Hovedforskjellen mellom kjemotaksi og fagocytose er at kjemotaxis er en rettet migrasjon av celler eller en organisme langs en kjemisk konsentrasjonsgradient, mens fagocytose er en mekanisme som omslutter fremmede smittsomme partikler for å nøytralisere eller ødelegge dem.
Leukocytter er viktige celler i immunsystemet. De er hvite blodlegemer. Noen leukocytter er fagocytter. Fagocytter bruker fagocytose for å oppsluke fremmede partikler. Monocytter, nøytrofiler og makrofager er noen eksempler på fagocytter. For å nå antigener eller fremmede partikler bruker fagocytter cellegift. Chemotaxis er bevegelse av celler eller organismer mot eller bort fra de kjemiske stimuli. Videre mobiliserer fagocytter og immunceller til infeksjonsstedet, vevskader og immunreaksjoner gjennom cellegift.