Hovedforskjellen mellom histopatologi og cytologi er at histopatologi er studiet av syke vev ved hjelp av et mikroskop, mens cytologi er studiet av individuelle celler i kroppen.
Celler er de grunnleggende strukturelle enhetene i livet. Under diagnosen sykdommer i medisin blir celler og hele vev undersøkt av patologer. Studiet av vev i forhold til sykdom er kjent som histopatologi. I kontrast er studiet av en enkelt celletype kjent som cytologi. Derfor ser histopatologi på vev mens cytologi ser på individuelle celler.