Hovedforskjellen mellom X-inaktivering og genomisk avtrykk er at X-inaktivering er prosessen der en kopi av X-kromosom inaktiveres hos noen kvinner, mens genomisk avtrykk er en prosess som avhenger av opprinnelsesforelder, og det er prosessen der kopier av gener uttrykkes differensielt.
X-inaktivering og genomisk avtrykk er to prosesser som kan føre til monoallelisk uttrykk. I enkle ord fører begge fenomenene til at en kopi av et gen slås av. Genomisk avtrykk foregår i spesifikke gener, mens X-inaktivering forårsaker inaktivering av gener i hele X-kromosomet. Imidlertid resulterer begge prosessene i redusert genuttrykk.
