Hovedforskjellen mellom tilfeldig og innprentet X-inaktivering er at tilfeldig X-inaktivering er inaktivering av et faderalt eller mors X-kromosom med lik sannsynlighet i løpet av gastrulering i epiblast, mens imprinted X-inaktivering er en ikke-tilfeldig X-inaktivering av den paternalt avledede X kromosom i ekstraembryonale vev hos pattedyr.
X-inaktivering er en prosess som ses hos kvinnelige pattedyr. Generelt har kvinner to X-kromosomer. Og hos kvinnelige pattedyr blir ett X-kromosom inaktivt. Med andre ord blir ett X-kromosom en transkripsjonelt inaktiv struktur. Når dette først har skjedd, forblir dette spesielle X-kromosomet inaktivt gjennom hele levetiden til cellen og dens etterkommere i organismen. Videre kondenserer det inaktiverte X-kromosomet til en kompakt struktur som kalles en Barr-kropp, og den holdes stabilt i lydløs tilstand. X-inaktiveringsprosessen avhenger også av kontrollen av to ikke-kodende komplementære RNAer. X-inaktivering skjer imidlertid ikke hos menn som bare har ett X-kromosom. Videre kan X-inaktivering forekomme tilfeldig eller på grunn av innprenting.
