Hovedforskjellen mellom genetisk materiale av prokaryoter og eukaryoter er at genetisk materiale av prokaryoter flyter i cytoplasmaet, siden de ikke har en kjerne mens genetisk materiale av eukaryoter ligger inne i kjernen. En annen viktig forskjell mellom er at prokaryotene har et lite genom og inneholder plasmider. De har også et stort spiralformet dobbeltstrenget sirkulært kromosom, mens eukaryoter har et større genom og ikke har plasmider.
Prokaryoter og eukaryoter er to typer organismer. Bakterier og Archaea er prokaryoter. Prokaryoter har en enkel mobilorganisasjon. De har ikke en kjerne og sanne organeller. På den annen side har eukaryoter en kompleks cellulær organisasjon med en membranbundet kjerne og sanne organeller. Sopp, protister, planter og dyr er eukaryoter.
