Hovedforskjellen mellom proteomics og metabolomics er at proteomics er studiet av alle proteiner i en organisme mens metabolomics er studiet av alle metabolitter i en organisme.
Genomics er studiet av den genetiske sammensetningen av en organisme. Proteomikk og metabolomikk er to omiske vitenskaper relatert til genomikk. Proteom refererer til alle proteiner i en celle eller en organisme. Metabolome refererer derimot til alle metabolitter i en organisme. Studien av proteomet er således proteomikken mens studien av metabolomet er metabolomikken. Både proteomikk og metabolomikk er viktig i sykdomsdiagnostikk og i karakterisering og screening av organismer. Videre er begge koblet sammen i mange aspekter av cellebiologi, spesielt i cellesignalering, proteinnedbrytning og generering og post-translationell modifisering.
