Hovedforskjellen mellom porinser og aquaporins er at porinser er vannfylte porer og kanaler som finnes i membranene til bakterier og eukaryoter. I mellomtiden er aquaporiner membranproteiner som danner vannselektive kanaler i levende celler.
Ulike molekyler går inn og ut av cellen over plasmamembranen i levende organismer. Dermed er det forskjellige membranproteiner i plasmamembranen for å opprettholde og regulere molekylene som kommer inn og ut fra cellene. Poriner og aquaporiner er to slike typer membranproteiner. Av disse er porinene vannfylte porer som letter transport av hydrofile molekyler over membranen. I mellomtiden er aquaporiner vannselektive kanaler som spesifikt tillater vann å passere fritt over membranen.
