Hovedforskjellen mellom filsystem og database er at filsystem bare administrerer den fysiske tilgangen mens databasen administrerer både den fysiske og logiske tilgangen til dataene.
Database og filsystem er to metoder som hjelper til med å lagre, hente, administrere og manipulere data. Begge systemene lar brukeren arbeide med data på samme måte. Et filsystem er en samling av rå datafiler som er lagret på harddisken, mens en database er ment for å enkelt organisere, lagre og hente store mengder data. Med andre ord inneholder en database en pakke med organiserte data vanligvis i digital form for en eller flere brukere. Forkortelsen fra databasen er DB. Det er mulig å klassifisere DB i henhold til innholdet, for eksempel dokumenttekst, bibliografisk og statistisk. Det er viktig å merke seg at selv i en database lagres data til slutt eller fysisk i noen filer.
