Hovedforskjellen mellom knock in og knockout er avhengig av metoden som brukes til å skape en transgen organisme. Ved gen knock-in foregår innsetting av et nytt gen mens mens det i gen-knockout foregår fjerning av et eksisterende gen for å skape en transgen organisme.
Transgene organismer er organismer med en endret genetisk konstitusjon. 'Rekombinante organismer' er et synonym for dem. I de fleste tilfeller inneholder transgene organismer gunstige egenskaper. Når genererer transgene organismer, blir gener målet. I henhold til behovet kan et gen introduseres eller fjernes. Gen knock in refererer til introduksjonen av et nytt gen mens gen knockout refererer til fjerning av et gen.
