Hovedforskjellen mellom gen knockout og knockdown er at gen knockout er en teknikk der genet av interesse er fullstendig fjernet (inoperativ tilstand) for å studere funksjonene til genet mens gen knockdown er en annen teknikk der genet av interesse blir tauset for å undersøke rollen til det spesifikke genet i et biologisk system.
Forskjellige genetiske teknikker er i drift for å undersøke funksjonen til gener i de levende biologiske systemene. Gen knockout og knockdown er to slike teknikker. Disse teknikkene hjelper forskere med å identifisere funksjonelle aspekter av forskjellige gener i levende organismer.