Hovedforskjellen mellom epistatisk gen og hypostatisk gen er at det epistatiske genet er et gen som påvirker ekspresjonen av et annet gen på et annet sted, mens det hypostatiske genet er genet som underkastes interferensen til det epistatiske genet.
Visse gener er avhengige av andre ikke-allele gener for deres uttrykk. Epistasis er en form for geninteraksjon der ett gen forstyrrer eller maskerer ekspresjonen til et annet gen som er lokalisert på et annet sted. Derfor er det slags ikke-allelisk geninteraksjon. I denne spesielle geninteraksjonen samhandler to gener, og de er det epistatiske genet og det hypostatiske genet. Følgelig er genet som maskerer ekspresjon av annet gen kjent som epistatisk gen, mens genet hvis ekspresjon påvirkes er kjent som et hypostatisk gen.
