Hovedforskjellen mellom hydrokraking og hydrobehandling er at hydrokracking inkluderer omdannelse av høykokende bestanddeler til lavkokende bestanddeler, mens hydrobehandling inkluderer fjerning av oksygen og andre heteroatomer.
Hydrokraking og hydrobehandling er nyttige prosesser i raffinering av petroleumsolje. Disse to prosessene kommer inn under kategorien vannbehandling. Videre foregår begge disse prosessene i nærvær av hydrogengass. Imidlertid er det en tydelig forskjell mellom hydrokrakking og hydrobehandling basert på prinsippet og mekanismen.