Hovedforskjellen mellom proton og elektron er at proton er en subatomær partikkel som finnes i en atomkjerne, mens elektroner er partikler som kretser rundt kjernen.
Atomer er byggesteinene til alle eksisterende stoffer. Et atom inneholder en kjerne, som har protoner og nøytroner. Elektroner sirkler rundt kjernen i orbitaler. I tillegg er det andre små subatomære partikler i kjernen. Det meste av plassen i et atom er tom. De attraktive kreftene mellom den positivt ladede kjernen (positiv ladning på grunn av protoner) og de negativt ladede elektronene opprettholder atomets form.