Hovedforskjellen mellom dyreplankton og fytoplankton er at zooplankton er heterotrofisk ikke-fotosyntetiserende plankton som enten er protozo eller et dyr mens fytoplankton er autotrofisk fotosyntetisk plankton som enten er et diatom, cyanobakterier eller alger.
Planktoner er de små organismer som lever og flyter i havene, havene eller ferskvannskroppene. De fleste av dem er mikroskopiske, og de er viktige matkilder for større dyr. Det er to hovedtyper av planktoner, nemlig dyreplankton og planteplankton. Dyreplanktoner er heterotrofe, og de inkluderer dyr som ikke er i stand til fotosyntese. På den annen side er fytoplankton fotosyntetisk plankton, som er autotrofisk. Dessuten lagrer fytoplanktoner energi via fotosyntese og dyreplankton og nekton (store kroppsdyr som aktivt beveger seg i vannsøylen) spiser på dem. Mennesker og andre rovdyr spiser på nekton og noe større dyreplankton i stor skala. Også menneskelige aktiviteter som miljøforurensning påvirker i stor grad negativt på denne energistrømmen som starter fra planteplankton.
