Hovedforskjellen mellom apomorphy og plesiomorphy er at apomorfien refererer til en karakteristikk som er unik for en klade og finnes i alle etterkommere av den spesielle kladen, mens plesiomorfien refererer til en egenskap som er tilstede i kladen, men kanskje ikke er tilstede i alle medlemmene av kladen.
I fylogenetikk er kladistikk området som klassifiserer organismer i klader eller grupper basert på egenskapene som forfedrene arver. Det er en veldig pålitelig studieform som hjelper til med å analysere evolusjonære og fylogenetiske forhold. Ulike terminologier kan brukes til å beskrive karakteristikkene til hver klade, slik som apomorfi, plesiomorphy, autapomorphy, synapomorphy og homoplasy, etc. Blant dem er apomorphy og plesiomorphy relative begreper. I disse studiene er datamaskinbasert programvare veldig nyttig for å studere egenskapene og egenskapene til Apomorphy og Plesiomorphy.