Hovedforskjellen mellom Protostomes og Deuterostomes er at i protostomer blir blastopore munnen mens det i deuterostomes blir anus. En annen stor forskjell er at embosto av protostomer gjennomgår spiral spaltning mens embryoer av deuterostomer gjennomgår radial spaltning.
For å forstå disse to begrepene ville det være viktig å være oppmerksom på hvordan den embryonale utviklingen av organismer foregår. Det ville være spesielt viktig å vurdere dyr med en coelom, som er et væskefylt hulrom som ligger mellom endoderm (tarm) og mesoderm (for det meste muskellag); med andre ord, coelom er peritoneum hos pattedyr. Protostomer og deuterostomer er de to hovedtypene av coelomate dyr, og det er mange forskjeller mellom dem. De skiller seg primært i måten deres munn og anus dannes under embryonale utviklingstrekk.
