Hovedforskjellen mellom cyanobakterier og proteobakterier kan ikke utledes spesifikt. Imidlertid er cyanobakterier, kjent som blågrønne alger, fullstendig fotosyntetiske, mens proteobakterier består av et bredt utvalg av gramnegative organismer hvorav noen organismer er fotosyntetiske.
Selv om cyanobakterier og proteobakterier har mange fellestrekk, basert på deres evne til fotosyntetisering, kan de variere fra hverandre. Imidlertid er de begge industrielt viktige organismer så vel som sykdomsfremkallende organismer.
