Hovedforskjellen mellom cyanobakterier og alger er at cyanobakterier er en gruppe prokaryote bakterier mens alger er små eukaryote plantelignende organismer.
Fotosyntese er en ekstremt viktig prosess som omdanner sollysens energi til kjemisk energi fra karbohydrater. Derfor er det prosessen som gjør at visse organismer kan lage sin egen mat, og disse organismer er kjent som fotoautotrofer. På samme måte er grønne planter, alger og cyanobakterier tre typer fotoautotrofer. Blant disse tre typene er cyanobakterier prokaryoter, som er bakterier. På den annen side er grønne planter og alger eukaryote organismer. Når man vurderer cyanobakterier og alger, er de mikroskopiske organismer, i motsetning til grønne planter. Imidlertid skiller cyanobakterier og alger seg fra hverandre hovedsakelig av mobilorganisasjonen. Målet med denne artikkelen er å forklare forskjellen mellom cyanobakterier og alger.
