Hovedforskjellen mellom blågrønne alger og grønne alger er at blågrønne alger er prokaryote organismer som tilhører Kingdom Monera mens grønne alger er eukaryote organismer som tilhører Kingdom Protista.
Fotosyntese er prosessen vist av fotoautotrofer. Det er prosessen som syntetiserer karbohydrater (matvarer) ved å fange energi fra sollys. Prosessen krever tilstedeværelse av fotosyntetiske pigmenter, CO 2 og vann. Fotoautotrofer har fotosyntetiske pigmenter for å utføre fotosyntese. Det er tre hovedgrupper av fotoautotrofer som planter, cyanobakterier (blågrønne alger) og alger (inkludert grønne alger). Derfor er både blågrønne alger og grønne alger fotosyntetiske organismer. Imidlertid er blågrønne alger prokaryote organismer mens grønne alger er eukaryote organismer. Følgelig er det en forskjell mellom blågrønne alger og grønne alger basert på deres mobilorganisasjon og andre egenskaper.
