Hovedforskjellen mellom GFP og EGFP er at GFP er et villtypeprotein innlemmet i molekylær kloning av celler som ikke er fra pattedyr, mens EGFP er en forbedret eller konstruert type GFP som kan brukes på pattedyrceller.
Molekylær kloning er en avansert teknikk som forskere bruker enormt for å uttrykke proteiner via rekombinant teknologi. I rekombinant DNA-teknologi er det nødvendig å transformere rekombinant vektor med suksess til vertsorganismen. Derfor, under transformasjonsprosessen, bør det identifiseres og bekreftes om genet av interesse har blitt transformert til verten eller ikke. For å vurdere dette, bruker molekylærbiologer flere teknikker. Av disse teknikkene er en reportergen. Disse reportergenene fungerer som valgbare markører for å velge de riktige transformantene. Dermed er Green Fluorescent Protein (GFP) og Enhanced Green Fluorescent Protein (EGFP) to reporterproteiner som brukes i molekylær kloning.
