Hovedforskjellen mellom endopeptidase og exopeptidase er at endopeptidasen bryter peptidbindinger i proteinmolekylene mens exopeptidase spalter peptidbindinger ved terminalene til proteinmolekylene.
Proteiner er viktige makromolekyler, som er essensielle for de fleste av de biokjemiske reaksjonene som forekommer i alle organismer. Ulike aminosyrer slår seg sammen og danner disse proteinene. Videre katalyserer enzymer hydrolysen av proteiner tilbake til aminosyrer. De er spesifikke enzymer som kalles proteaser eller peptidaser. Derfor har de evnen til å bryte ned peptidkjeder av proteiner til aminosyrer. Videre kan peptidaser være endopeptidaser eller exopeptidaser.
