Hovedforskjellen mellom gametofytisk og sporofytisk selvkompatibilitet er at i gametofytisk selvkompatibilitetssystem bestemmes pollenfenotype av den gametofytiske haploide genotypen mens i sporofytisk selvkompatibilitet bestemmes pollenfenotype av den diploide genotypen til planten.
Selvkompatibilitet er en pollineringsmekanisme i planter. Det forhindrer primært selvbestøvning og håndhever kryssbestøvning, noe som er en evolusjonær fordel. Selvkompatibilitet oppstår som et resultat av negative kjemiske interaksjoner mellom pollen og stilvev i samme allel. Selv om pollen og pistiller er levedyktige og fruktbare, finner ikke pollenspiring sted i disse plantene. Når pollenspiring ikke skjer, kan pollenrøret ikke dannes. Da klarer ikke pollenene å levere mannlige kjønnsceller til kvinnelige kjønnsceller for befruktning. Som et resultat kan de ikke produsere frø.
Det er to store selvkompatibilitetssystemer som gametofytisk selvkompatibilitet og sporofytisk selvkompatibilitet. De er single locus selvkompatibilitetssystemer som er basert på et enkelt multi-allelic locus (S). Dette stedet består av en pistil som uttrykker S-genet og et pollen som uttrykker S-genet.
