Hovedforskjellen mellom kryssinfeksjon og sekundær infeksjon er at kryssinfeksjon refererer til overføring av skadelige mikroorganismer fra en annen person, medisinsk utstyr eller verktøy mens sekundær infeksjon er en infeksjon som oppstår under eller etter behandling for en annen infeksjon.
Infeksjoner kan forhindres ved å opprettholde rene og grundig sanerte områder rundt pasientene. Derfor vasker legene hendene ofte. Videre opprettholdes sterile miljøer på sykehusene. Kryssinfeksjon og sekundær infeksjon er to typer infeksjoner som pasienter skal reddes fra.