Hovedforskjellen mellom biologisk klokke og døgnrytme er at biologisk klokke er en organisms medfødte tidsstyringsenhet sammensatt av spesifikke molekyler som samhandler med celler i hele kroppen, mens døgnrytmen er en fysisk, mental og atferdsendring som følger en daglig syklus.
Vi føler oss søvnige om natten, men vi er energiske og holder oss våken hele dagen. Årsaken bak dette er den sirkadiske biologiske klokken. Den biologiske klokken er vår medfødte tidsinnretning, som styres av hjernen vår. Døgnrytme er en naturlig og intern prosess som gjentas omtrent hver 24. time. Døgnrytme kan påvirke søvn / våknesyklusen. Hvert vev og organ i kroppen vår fungerer i henhold til biologisk klokke og døgnrytme. Døgnklokke-systemet er en viktig regulatorisk faktor for nesten alle fysiologiske aktiviteter i kroppen vår. Forstyrrelser i døgnklokke-systemet kan forårsake alvorlige konsekvenser for menneskers helse.