Nøkkelforskjellen mellom mesofyll og bunnskappceller er at i C4-planter finner lysavhengige reaksjoner av fotosyntese sted i mesofyllcellene, mens lysuavhengige reaksjoner eller Calvin-syklus finner sted i bunnskappcellene.
C4 planter er en gruppe planter som utfører C4 fotosyntese eller C4 karbonfiksering. Disse plantene er i stand til å minimere fotorespirasjon ved å skille innledende CO2-fiksering og Calvin-syklusen i rommet. For å gjøre dette har de en spesiell celleordning som heter Kranz leaf anatomy. I Kranz-anatomi er hver vaskulærbunt omgitt av bunnskappceller. Mesofyllceller omgir deretter celler fra bunnshylster.
Mesofyll og kappe celler har strukturelt og funksjonelt forskjellige kloroplaster. Mesofyllceller har tynne cellevegger og tilfeldig ordnede kloroplaster med stablede tylakoider. De har ikke stivelseskorn. På den annen side har bunnskappeceller tykke cellevegger og sentrifugalt arrangerte kloroplaster med store stivelsesgranuler.
