Hovedforskjellen mellom bakteriocin og antibiotika er at bakteriocin er et proteinholdig toksin produsert av bakterier mot en nært beslektet bakteriestamme mens antibiotika er et antibakterielt stoff og en sekundær metabolitt som dreper eller hemmer veksten av bakterier.
Antimikrobielle stoffer har evnen til å drepe patogene mikroorganismer eller forsinke veksten og reproduksjonen. Antimikrobielle stoffer kan være antibakterielle, soppdrepende eller antivirale. Antibakterielle stoffer eller antibiotika virker mot bakterier mens soppdrepende stoffer virker mot patogene sopp. Antivirale legemidler dreper virus. Derfor er antibiotika en type mest effektive antibakterielle stoffer som kan brukes til å bekjempe bakterielle infeksjoner. Bakteriocin er et proteinholdig gift som produseres av bakterier. Det virker mot nært beslektede bakteriestammer. Således har både antibiotika og bakteriocin antibakteriell aktivitet.
