Hovedforskjellen mellom blodhjernebarrieren og CSF-barrieren i blodet er at blodhjernebarrieren er barrieren som skiller blodvevet og hjernevevet, mens CSF-barrieren i blodet er en funksjonell barriere som skiller blodvevet og cerebrospinalvæsken.
Blodhjernebarriere og blod CSF-barriere er to beskyttende barrierer i hjernen. De er også viktige i transport av molekyler over hjernen og det perifere blodvevet. Dessuten har begge barrierer tette kryss som letter overføringen av ikke-giftige forbindelser til hjernen.