Hovedforskjellen mellom patofysiologi og patogenese er at patofysiologi forklarer forhold som vanligvis observeres under en sykdomstilstand, samt prosesser eller mekanismer som opererer i en organisme mens patogenese forklarer opprinnelsen og utviklingen av en sykdom, og om sykdommen er akutt, kronisk eller tilbakevendende.
Patofysiologi og patogenese er to like begreper som brukes til å forklare forekomsten av en sykdom og relaterte mekanismer og egenskaper. Patofysiologi gjelder forholdene som er observert under en sykdomstilstand og prosessene som foregår i en organisme. Patogenese fokuserer hovedsakelig på opprinnelse og utvikling av en sykdom. Begge studiene er viktige for å diagnostisere en sykdom og forhindre spredning av den.
