Hovedforskjellen mellom genotoksisitet og mutagenisitet er at genotoksisitet er et stoffs evne til å forårsake toksisitet på DNA / genetisk materiale i en celle mens mutagenisitet er evnen til et middel til å forårsake mutasjoner.
Genotoksisitet og mutagenisitet er to like begreper, ofte feiltolket og brukt om hverandre. Genotoksisitet er den toksiske effekten skapt av et kjemikalie eller et middel på gener eller DNA i en celle. Dermed er et kjemikalie som har en gentoksisk effekt, et genotoksin. I motsetning til dette er mutagenisitet et stoffs evne til å forårsake eller indusere mutasjoner. Et genotoksisk kjemikalie er ikke nødvendigvis et mutagent stoff. De kan være mutagene. Imidlertid er alle mutagene stoffer genotoksiske siden de har egenskapen til å ødelegge celleens genetiske materiale.