Hovedforskjellen mellom cotransport og mottransport er at cotransport er en form for sekundær aktiv transport som transporterer to typer molekyler samtidig over plasmamembranen i samme retning eller motsatt retning. På den annen side er mottransport en av de to formene for cotransport som transporterer to typer molekyler samtidig i motsatt retning av hverandre over cellemembranen.
Molekyler går inn og ut via cellens selektive plasmamembran. Det er flere typer membrantransportproteiner. Cotransport og mottransport er to typer sekundær aktiv transport. Cotransport transporterer to forskjellige typer molekyler samtidig i en koblet bevegelse mens mottransport eller utveksling er en type cotransport som transporterer to typer molekyler i motsatt retning over membranen.
